Al finalizar la escuela secundaria ingresó en la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de La Plata. En el tercer año comenzó las concurrencias al Hospital Policlínico y con ellas se acrecentó su vocación al tomar contacto por primera vez con los pacientes. Nunca se limitaba a cumplir con lo requerido por el programa, ya que, por las tardes, volvía para ver la evolución de los pacientes y conversar con ellos.

El hecho fundamental de su preparación profesional fue el practicantado (actual residencia) en el Hospital Policlínico, centro médico de una amplia zona de influencia. Allí se recibían los casos complicados de casi toda la provincia de Buenos Aires. En los dos años en que prácticamente vivió en el Hospital, Favaloro obtuvo un panorama general de todas las patologías y los tratamientos pero, sobre todo, aprendió a respetar a los enfermos, la mayoría de condición humilde. Como no quería desaprovechar la experiencia, con frecuencia permanecía en actividad durante 48 o 72 horas seguidas.

Todo hacía suponer que su futuro estaba allí, en el Hospital Policlínico, siguiendo los pasos de sus maestros. Casualmente, en 1949, apenas recibido, se produjo una vacante para médico auxiliar. Accedió al puesto en carácter interino y a los pocos meses lo llamaron para confirmarlo. Le pidieron que completara una tarjeta con sus datos; pero en el último renglón debía afirmar que aceptaba la doctrina del gobierno (gobierno peronista). Sus calificaciones eran mérito más que suficiente para obtener el puesto. Poner la firma en esa tarjeta significaba traicionar todos sus principios.

Por ese entonces llegó una carta de un tío de Jacinto Arauz , un pequeño pueblo de 3.500 habitantes en la zona desértica de La Pampa. Explicaba que el único médico que atendía la población, el doctor Dardo Rachou Vega, estaba enfermo y necesitaba viajar a Buenos Aires para su tratamiento. Le pedía a su sobrino René que lo reemplazara aunque más no fuera por dos o tres meses. La decisión no fue fácil. Pero al final Favaloro llegó a la conclusión de que unos pocos meses transcurren rápidamente y que, mientras tanto, era posible que cambiara la situación política.

Citas:

- "Proceder con honestidad en aras de la dignidad del hombre es el compromiso más trascendente en nuestro corto paso por este mundo. ".
(Conferencia "Responsabilidad social del universitario de nuestro tiempo", Universidad Católica de Córdoba, septiembre de 1981)

- "Ha llegado el momento, insisto, de detener el girar constante de nuestro planeta. Examinarlo, examinarnos, hacer el diagnóstico correcto y buscar todos juntos el tratamiento adecuado. Sólo lo lograremos si entendemos que estamos convocados por un compromiso ineludible: debemos luchar por una sociedad más justa y equitativa, sin prejuicios de ninguna índole. Sólo lo lograremos si no nos apartamos nunca de los lineamientos éticos basados en el respeto a la dignidad del hombre. Debemos trabajar, trabajar y trabajar con pasión. Siempre habrá tiempo para el ocio fecundo, en beneficio de todos. Hemos de esforzarnos para mejorarnos individualmente pero entendiendo que formamos parte de una sociedad que demanda nuestra participación. Cuanto más destacada sea nuestra posición individual más grande será nuestro compromiso social. Ha llegado la hora de trabajar con humildad y modestia verdaderas. Hay que aprender a no marearse con las alturas de la montaña. En la montaña de la vida nunca se alcanza la cumbre."

(Mensaje de René Favaloro a los estudiantes reunidos en Glacier Park Lodge, Montana, Estados Unidos, 1993.De "Don Pedro y la educación")